Η Στέγη Φιλοτέχνων Φλώρινας ξεκινά το έργο της το 1975 επικεντρώνοντας την δράση της στα εικαστικά δρώμενα της χώρας σε μια γεωγραφική γωνιά που διέθετε μια εικαστική ιδιαιτερότητα που ο καθένας σήμερα την αναγνωρίζει. Οι πρώτες σκέψεις για την δημιουργία μιας αξιόλογης συλλογής αποδίδουν χάρη στις προσπάθειες του καθηγητή της Α.Σ.Κ.Τ Αθήνας γλύπτη Δημήτρη Καλαμάρα.
Εμπνευστές και πρωτεργάτες μαζί με τον Δημήτρη Καλαμάρα, οι Φλωρινιώτες καλλιτέχνες: Στερίκας Κούλης, Ηλίας Βυζάντης, Θέμης Μηλώσης, Κωστάκης Λούστας, Νικόλας Δογούλης, Βασίλης Κύρκος, Δημήτρης Μπέσσας, Θανάσης Μηνόπουλος, Γιάννης Αντωνιάδης, Γεώργιος Κόρας, Βασίλειος Μιχαήλ καθώς και φιλότεχνοι πολίτες όπως οι: Παύλος Στεφανίδης, Παναγιώτης Γιασημακόπουλος, Τσώκας Νικόλαος, Γιώργος Λαβασίδης, Γρηγόρης Καραφύλλης, Σπύρος Αλεξίδης, Δημήτριος Τσούκας, Δημήτριος Θωίδης, Βασίλειος Βαγουρδής, Αναστάσιος Βασιλείου.κ.α.
Το 1977 με ένα μικρό αριθμό έργων της Εθνικής Πινακοθήκης εγκαινιάζεται το Μουσείο Σύγχρονης Τέχνης σε ένα οίκημα της Γεωργικής Σχολής και την επόμενη χρονιά, τέσσερις δάσκαλοι της Ελληνικής τέχνης, ο Ν. Χ’’Κυριάκος Γκίκας, ο Δ. Μυταράς, ο Π. Τέτσης, και ο Δ. Κοκκινίδης παρουσιάζουν έργα τους. Η έκθεση αυτή προδιαγράφει και σηματοδοτεί έκτοτε το πλαίσιο και τις δράσεις του Μουσείου που κύρια πρόθεση είναι η σύγχρονη ποιοτική δημιουργία. Ακολουθούν συνεργασίες με τα σημαντικότερα εικαστικά κέντρα της χώρας και στις αίθουσες του Μουσείου παρουσιάζονται τα έργα των σημαντικότερων σύγχρονων Ελλήνων δημιουργών.
Από την ίδρυση της ακόμα η Στέγη Φιλοτέχνων Φλώρινας εγκαινιάζει τον θεσμό των Συμποσίων σε μια προσπάθεια να φέρει σε επαφή το φιλότεχνο κοινό της πόλης με την «κλασσική τέχνη» αλλά και τις σύγχρονες εικαστικές αναζητήσεις. Το 1985 η Στέγη Φιλοτέχνων Φλώρινας ιδρύει την Πινακοθήκη Καλλιτεχνών Φλώρινας που φιλοξενεί τα έργα των Φλωρινιωτών Καλλιτεχνών εντάσσοντας έτσι στη δράση της και τη ντόπια καλλιτεχνική δημιουργία. Από το 1993 η Πινακοθήκη Καλλιτεχνών Φλώρινας στεγάζεται σε ένα παραδοσιακό κτίριο του ΟΣΕ το οποίο πρόσφατα συντηρήθηκε και είναι έτοιμο πλέον να παρουσιάσει την συλλογή των 120 έργων του.
Ταυτόχρονα, η ίδρυση της Εικαστικής Βιβλιοθήκης που σήμερα αριθμεί 6.000 εικαστικούς τόμους και η λειτουργία του Εικαστικού Εργαστηρίου, καθιστά το Μουσείο ένα από τα σημαντικότερα επαρχιακά εικαστικά κέντρα προσανατολισμένο στις σύγχρονες απαιτήσεις ενός τέτοιου χώρου όπου παράλληλα τονίζει και αξιοποιεί τον εκπαιδευτικό του χαρακτήρα. Το 1995, το Μουσείο αποκτά τη συλλογή «Φόρος τιμής στον Γκρέκο» που σχηματίσθηκε από τις δωρεές Ελλήνων καλλιτεχνών για την απόκτηση του έργου « Άγιος Πέτρος» του El Greco από την Εθνική Πινακοθήκη και έτσι ενδυναμώνει το σύγχρονο χαρακτήρα της συλλογής του Μουσείου με 137 νέα έργα.
Η δραστηριότητες που αναπτύσσονται συνεχώς για 35 χρόνια καθιστούν το Μουσείο ευρύτερα γνωστό και γίνεται έτσι ένα από τα σημαντικότερα και εγκυρότερα εικαστικά κέντρα της χώρας. Ανάμεσα στα 600 περίπου έργα που αριθμεί σήμερα η συλλογή του Μουσείου Σύγχρονης Τέχνης, βρίσκονται έργα των σημαντικότερων σύγχρονων Ελλήνων δημιουργών.